「審査員にアピールするために目立たせるべし」みたいなアドバイスが溢れていますが、やりすぎは読みにくくするだけです。特にフォントの過剰な装飾は、申請書を劇的に読みにくくします。
フォントの過剰な装飾は読みにくい
太字・Italic・アンダーライン・文字背景・文字色変更など様々な装飾方法がありますが、どうしても必要な場合以外は使うことをお勧めしません。ましてや、これらを２つ以上組み合わせることはなるべく止めましょう。
学振・科研費どちらの場合にも、太字とアンダーラインを組み合わせる例はしばしば見られますが、これも読みやすさという点で個人的にはマイナス評価です。強調したいのであれば重めのウェイトを持つゴシック体、もしくは、もっと単純に同じフォントで太字にするだけでも良いです（私は最近もっぱらこちらです）。
下の例はヒラギノ明朝W2にヒラギノ角ゴW3を組み合わせた例ですが、明朝体の中に一つ重いウェイトのゴシック体があるだけでも十分に目立つことがわかるかと思います。
申請書中に太字を多用する人の理論は「忙しい審査員が太字部分を拾い読みをしても申請内容が理解できるようにする」というものですが、私の経験上、見出しを拾い読みすることはあっても、文中の太字を拾い読みすることはまずありません。これは完全に間違った努力です。書いている本人も読みにくくてしょうがないと思うのですが……
フォントの装飾についての注意事項を箇条書きでまとめます。
過ぎたるは及ばざるが如し
また、ページあたりの強調箇所の数にも気をつけましょう。強調とは、他と違う部分を入れることで意図的に視線の流れを中断させることで、目立たせる行為です。そのため、１ページに何箇所も強調があると、その都度、視線の流れは中断され、すらすらと読めるという感じにはなりません。
また、多すぎる強調はどこが重要なのかを見失わせます。全部重要だということは全部重要でないというのと大して違いません。拾い読みで意味を通じるようにしようとするとどうしても数が多くなりますので、マインドを変えて、この研究のコンセプトや問題点などを１文・１単語で示しているところをピンポイントで強調するようにしましょう。
目安としては１ページあたりに数箇所（理想的には２，３箇所）です。
まとめ
- フォントの装飾は（あまりお勧めしませんが）ルールを持って行う。強調の目的で太字やアンダーラインを区別なく使うのは避ける。
- フォントの装飾は１ページでせいぜい２つか３つくらいにする。あちこちを強調すると本当に重要なところがわからなくなる（過ぎたるは及ばざるがごとし）。
- 太字による強調をするのであれば、重めのウェイトを使うほうがバランスが崩れなくて良い。
- フォントの装飾を２つ以上組み合わせない。
私は、極稀にアンダーラインと本文太字を使うくらいで、強調目的でのフォントの装飾はなるべく控えるようにしています。