ここまでで、問題点が示されました。しかし、未解決な問題は山ほどあります。なぜ、ほかの問題よりもこの問題を扱わないといけないのでしょうか？それを説明しないといけません。
研究の背景・問題点では、以下を順に書きます。
1. 研究計画を含む広い研究領域の一般的な説明、重要性
2. 研究計画に関する狭い研究領域についての説明
3. 当該分野でこれまでどのような取り組みがなされており、その結果、何がわかっているのか
4. こうしたこれまでの当該分野における進展の中で申請者らはどこに貢献してきたか
5. こうした努力にも関わらず、未解決な点は何か
6. なぜそれは問題として残されているのか
7. その問題が解決されないと何が問題なのか、あるいは、それを解決するとどのような良いことがあるのか
8. どうすればそれを解決できると考えたのか、そのアイデアならば上手くいくと考えられる根拠は何か
9. それにより、どうなるのか
10. そのアイデアを実行する上での障害は何か
指摘した問題点のせいで起こっている弊害、あるいはその問題を解決することでどのようなメリットがあるのかを示す
こうしたXXXの機能の理解の遅れが、原因遺伝子が同定されているにも関わらずXXXを標的とした治療薬が開発されていない主な原因となっている。
指摘した問題のせいで実際に起こっている不都合な点を挙げ、すでに問題が起きてしまっていること、あるいはこのままでは「最悪の未来」が来てしまうことを審査員に印象づけます。問題が大きいほど、重要であるほど、問題を解決する必要性が増します。
場合によっては、弊害を伝えるよりもメリットを伝えることの方がよい場合があります。すなわち、現時点でも特に問題はないが、これが解決されるともっと良いことがあるという書き方です。
これらの違いは「無いと不便」と「有ると便利」の違いのようなものです。どちらが良いというわけではなく、研究スタイルの違い、取り扱っている対象の違いです。
特に不都合な点やメリットが思いつかない場合はテーマ設定が間違っている可能性もしくは背景知識の勉強不足の可能性が高いです。その場合は、研究テーマについてもう一度よく考えてみることをおすすめします。それが解決されなくても誰も何も困らず、解決しても誰も嬉しく無いのであれば、なぜ貴重な時間とお金を使ってそれに取り組むのか？と聞きたくなるのは当然でしょう。
おもしろい研究テーマについては「おもしろく」を見てください。
「穴がないから穴を掘る」 はありがちな最悪のパターン
わかっていないこと、やらねばならないことは無数にあります。それらの未解決問題の中から、なぜこの問題を、今回、選んだのかという点を聞かれています。単に、やられていなかったからというのは理由になりません（他もそうです）。
「なぜ山に登るのか」と聞かれて「そこに山があるからだ」と答えるのは文学的・哲学的には意味があるのでしょうが、科学的には全く意味の無い答えです。
たとえば、最初の例のXXXに「穴」とそれに関連する語を入れてみましょう。
こういわれて、なるほど、すごい！となる人はいません。なぜ穴を掘らないといけないのか、なぜここなのか（他にも掘っていない場所はいっぱいある）、が説明されていないからです。では、こう言われたらどうでしょうか？
穴を掘るという点では変わりませんが、「申請者が」「なぜ」「ここを（この問題を）」扱う理由が明確であり、これならば納得してくれる人は多そうです。